معرفی، لینک دانلود و راهنمای نصب سریع dl_poly

POLY  کلاسیک یک بسته نرم افزاری شبیه سازی مولکولی میباشد که برای تسهیل شبیه سازی دینامیکی مولکولی ماکرومولکولها،پلیمرها،سیستم های یونی،محلولهاو دیگر سیستمهای مولکولی طراحی شده است که توسط کامپیوتر با حافظه های توزیع شده موازی اجرا میگردد.

DL_POLY  کلاسیک بر مبنای شباهت و اشتراک اطلاعات تکراری طراحی گردیده است.این نرم افزار برای شبیه سازی بیش از 30000 اتم بر روی بیش از 100 پردازشگر مناسب است. افزایش مقیاس شبیه سازی از یک ایستگاه کاری کوچک به یک ماشین حجیم محاسبات وشبیه سازی  موازی از ویژگی های مفید این نرم افزار است.

عملکرد و مبادی کاربردی

در زیر لیست ویژگی های DL_POLY  کلاسیک موجود است.

 

سیستم های مولکولی:

1.سیستم های ساده اتمی و مخلوط ها مانند Ne,Ar,Kr  و غیره.

2.سیستم های ساده غیر قطبی مانند NaCl,KCl وغیره.

 

دانلود برای dl_poly لینوکس CentOS, Fedora :

https://pkgs.org/download/dl_poly

 

راهنمای نصب :

DL_POLY a quick user guide-Installation to first simulation in Molecular Dynamics

 

Installation:
1.Download DL_POLY_4 from ftp://ftp.dl.ac.uk/ccp5/DL_POLY/
2.Obtain Liscense by mailing the authors for home/personal/educational use
3.Unzip,Untar,Unencrypt
4.In Linux install open mpi by typing
$ sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc
$ sudo apt-get install ssh
Generate keys and add to ssh
$ ssh-keygen -t dsa
$ cat id_dsa.pub >> authorized_keys

Test program:
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char** argv)

{
int myrank, nprocs;

MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myrank);
for (;;){
printf(“Hello from processor %d of %d\n”, myrank, nprocs);
}
MPI_Finalize();
return 0;
}

Testing:
$ mpicc MPI_Hello.c -o MPI_Hello
$ mpiexec -n 5 MPI_Hello         #specify to run on 5 processors,press Ctrl+Z to exit
You can install htop to see if the process is really parallel [sudo apt-get install htop]
Compiling DL_POLY for Laptop Dell XPS 15z
Requires fortran to be installed.[sudo apt-get install gfortran]
1.In the DL_POLY directory>Build>copy “Makefile_MPI” to source directory and rename to “make”
2.In terminal type “sudo make hpc”
3.The process will create a DLPOLY.Z in the execute directory. Which also has a JAVA gui which can be used.(Personally I find using GUI a bit cumbersome and problematic,so I run using terminal)
4. Terminal >browse to DL_POLY execcute directory> type $./gui to invoke gui

Running sample scripts:
Some example and basic examples can be found online in
http://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY/TUTORIAL/EXERCISES/ 

 

اجرای یک DLPOLY job :

یک فایل ایجاد کرده و نام آن را run_dlpoly بگذارید . این فایل شامل خطوط زیر باشد :

#! /bin/csh

#BSUB -n 12

#BSUB -R “hc span[ptile=12]”

#BSUB -W 10

#BSUB -o /share/myusername/dlpoly/o.%J

#BSUB -e /share/myusername/dlpoly/e.%J

source /usr/local/apps/env/dl_poly_4.03.csh

unsetenv MPICH_NO_LOCAL

mpiexec_hydra DLPOLY.Z

دایرکتوری فعلی باید شامل فایل های FIELD، CONTROL و CONFIG باشد (برای اطلاعات بیشتر در مورد ساخت این موارد، به این آدرس مراجعه کنید).

 

در خط ترمینال فعلی تایپ کنید :

bsub < run_dlpoly

برای مطالعه اطلاعات کامل تر به این آدرس مراجعه کنید.