معرفی و نصب ابزارهای SAMTOOLS & BCFTOOLS

فرمت SAM یک فرمت مبتنی بر متن برای ذخیره سازی توالی های بیولوژیکی است. SAMTools ابزارهای مختلفی را برای دستکاری ترازها در فرمت SAM، از جمله مرتب سازی، ادغام، نمایه سازی و ایجاد هم ترازی در فرمتper-position  ارائه می دهد.

 

برای نصب به سه فایل samtools ،  bcftoolsو htslib نیاز دارید. توجه داشته باشید که این دو ابزار به تنهایی نیز کاربرد دارند و فایل مشترک آنها  htslib می باشد.

دو روش برای نصب این ابزارها وجود دارد :

1- با استفاده از git clone

با استفاده از دستور git clone فایل های مورد نیاز را دریافت نمایید. این دستور تقریبا شبیه به wget کار می کند.

git clone —branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git

git clone —branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git

git clone —branch=develop git://github.com/samtools/samtools.git

 

پس از انجام این کار برای هر سه ابزار یک پوشه مجزا با نام آنها ساخته می شود. 

• کامپایل bcftools  :

cd bcftools

make

.. cd

• کامپایل samtools :

cd samtools

make

 

توضیحات کاملتر را از اینجا دریافت کنید.

 

 

2- با استفاده از نسخه tar.bz2

ابتدا آخرین نسخه ها از اینجا دانلود کنید 

 

برای مدیریت بهتر نصب ها می توانید برای برنامه یک پوشه بسازید و مراحل نصب را در مسیر انجام دهید.

cd /opt

mkdir SAM&BCFTools

cd SAM&BCFTools

 

فایلهای دانلود شده را در این پوشه قرار دهید

• نصب samtools :

tar -xvf samtools-1.7.tar.bz2

cd samtools-1.7

./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/SAMTools-1.7-install

make

make install

با استفاده از دستور —prefix یک پوشه برای قرار گیری فایلهای نصبی در مسیر موجود تعیین می کنید  (نیازی نیست که این پوشه از قبل وجودداشته باشد) که این پوشه پس از مرحله make install ایجاد می شود.

 

• نصب htslib :

tar -xvf htslib-1.7.tar.bz2

cd htslib-1.7 

./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/HTSLib-1.7-install

make

make install

 

• نصب bcftools :

tar -xvf bcftools-1.6.tar.bz2

cd bcftools-1.6  

./configure —prefix=/opt/SAMTools-1.7/BCFTools-1.6-install

make

make install