معرفی و نصب ابزار TopHat

معرفی :

 TopHat برنامه ای است که readهای RNA-Seq را برای یک ژنوم صف بندی می کند تا بتواند اتصالاتexon-exon  را بسازد. این برنامه بر روی Bowtie برنامه نگاشت read کوتاه فوق سریع ساخته شده است. TopHat بر روی لینوکس و OS X اجرا می شود.

 

نصب برنامه :

 

پیش نیازها

برای استفاده از TopHat شما به برنامه های زیر در PATH نیاز خواهید داشت:

o    bowtie2 and bowtie2-align (or bowtie)

o    bowtie2-inspect (or bowtie-inspect)

o    bowtie2-build (or bowtie-build)

o    samtools

 

از آنجا که TopHat خروجی ها را در فرمت BAM تنظیم می کند، بایستی ابزارهای SAM را دانلود و نصب نمایید. در صورت نیاز به راهنمای نصب SAMTools به اینجا مراجعه نمایید. ضمنا شما همچنین باید نسخه Python 2.6 یا بالاتر را داشته باشید.

 

دریافت و نصب TopHat

می توانید نسخه مورد نظر خود را برای لینوکس و OS X از اینجا دانلود کنید. 

برای نصب TopHat از بسته های منبع (source package)، از حالت فشرده خارج و وارد دایرکتوری برنامه شوید :

tar zxvf tophat-2.0.0.tar.gz

cd tophat-2.0.0/

 

پیکربندی بسته، مشخص کردن مسیر نصب و وابستگی های کتابخانه مورد نیاز (راهنمای نحوه شروع به کار را برای جزئیات بیشتر بخوانید) :

./configure —prefix=<install_prefix> —with-boost=<boost_install_prefix> —with-bam=<samtools_install_prefix>

 

سرانجام ؛ ساخت و نصب TopHat :

make

make install